مرکز ملی تحقیقات حقوق سلامت به استناد رای صادره در دویست و سی و هفتمین جلسه شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی در سال ۱۳۹۳ وابسته به معاونت حقوقی و امور مجلس وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی تاسیس شد و اساسنامه آن در دویست شصت و دومین جلسه شورای گسترش دانشگاه های علوم پزشکی در سال ۱۳۹۶ به تصویب رسید. 

مجوز قطعی مرکز نیز در شهریور ماه سال ۱۴۰۲ توسط وزیر محترم بهداشت، درمان و آموزش پزشکی صادر و ابلاغ گردید.